Não foi feito nada de errado, mas o suporte a SSL no Zend Server CE foi quebrado após a atualização ao servidor Ubuntu 12.04. Diante do erro, a Zend o corrigiu, disponibilizando um repositório separado do Zend Server CE 5.6.0 para o Ubuntu 12.04. Favor adicionar esta linha ao /etc/apt/sources.list:
[php]deb http://repos.zend.com/zend-server/5.6.0_ubuntu1204/deb server non-free[/php]
Após adicionar, basta atualizar com o apt-get upgrade.
Aqui está a lista de discussão relacionada: http://forums.zend.com/viewtopic.php?f=8&t=65613.
